Program Studi Sarjana Terapan Akuntansi Perpajakan merupakan salah satu program studi di Jurusan Akuntansi Politeknik Negeri Madiun. Prodi Akuntansi Perpajakan didirikan pada tanggal 4 Maret 2022 berdasarkan Surat Keputusan kemendikbudristek No 32/D/OT/2022. Prodi Akuntansi Perpajakan ini merupakan program studi upgrading dari program studi sebelumnya yaitu prodi Komputerisasi Akuntansi. Prodi Komputerisasi akuntansi sendiri merupakan prodi yang telah berdiri tahun 2008.
Upgrading merupakan program untuk meningkatkan level prodi dari diploma tiga menjadi sarjana terapan. Melalui program ini diharapkan dapat menciptakan sumber daya manusia yang sesuai dengan kebutuhan dunia usaha, dunia industri dan dunia kerja (DUDIKA) dari perguruan tinggi vokasi. Lulusan diharapkan peka dan cepat tanggap terhadap perkembangan ilmu dan teknologi, mampu memberikan terobosan dan inovasi, serta mampu menghasilkan lulusan perguruan tinggi yang andal dan siap untuk bersaing dalam dunia kerja baik secara global dan nasional.
Kurikulum yang berlaku pada Prodi Akuntansi Perpajakan dirancang berdasarkan visi, misi dan tujuan institusi maupun Program Studi yang berorientasi ke masa depan. Mahasiswa prodi Akuntansi Perpajakan PNM harus menempuh masa studi minimal 8 semester sebelum dinyatakan lulus oleh program studi. Dalam rancangan kurikulum prodi Akuntansi Perpajakan, total mata kuliah wajib yang harus ditempuh adalah sebanyak 152 SKS.